Cerita film The Kashmir Files berkisar pada Krishna Pandit (Darshan Kumar), seorang mahasiswa JNU, yang mengira orang tuanya tewas dalam sebuah kecelakaan seperti yang diceritakan oleh kakeknya, Pushkar Nath (Anupam Kher).
Tapi kenyataannya lebih menyedihkan. Dia terjebak di tengah dua narasi yang berlawanan tentang eksodus Pandit Kashmir tahun 1990.
Satu sisi diwakili oleh profesor JNU pro-Azaadi (Pallavi Joshi) yang mendapatkan banyak dukungan di kampus untuk perjuangannya di Kashmir. Di sisi lain adalah Nath, yang telah berjuang selama 30 tahun untuk mendapatkan keadilan atas eksodus, yang menurut profesor itu palsu.
Setelah kematian Pushkar Naths, Krishna kembali ke Kashmir untuk memenuhi keinginan terakhirnya dan juga bertemu dengan empat teman Naths, seorang jurnalis, seorang dokter, seorang mantan polisi, dan seorang pensiunan pegawai negeri.
Mereka terkejut mengetahui bahwa Krishna tidak tahu kisah sebenarnya tentang kematian ayahnya. Kashmir kemudian mencari tahu kisah sebenarnya dan menemukan kebenaran.
Dalam satu di antara banyak adegan traumatis, ayah Krishna, bersembunyi di dalam wadah beras, dibunuh oleh seorang militan lokal. Ibunya terpaksa memakan nasi berlumuran darah dari wadah yang sama.
