Kemudian, ketika terjadi lagi peristiwa serupa pada tahun 1939, kembali Allah SWT memperlihatkan kekuasaannya. Atas izin Allah, masjid itu terhindar dari bencana kebakaran, kendati rumah-rumah di sekelilingnya musnah dilalap api.
Pada masa pendudukan Jepang (1942), Desa Pulau Tengah mendapat musibah gempa bumi dahsyat. Seluruh bangunan yang ada di desa itu hancur menjadi puing-puing.
Tetapi sekali lagi, masjid tua itu selamat dari bencana itu. Masjid Keramat ini. Masjid yang semula terbuat dari kayu, oleh pemerintah kolonial diganti dengan tembok yang permanen.
Bahkan, dinding dan lantainya menggunakan marmer yang langsung didatangkan dari negeri kincir angin.
Meskipun begitu, bentuk arsitekturnya tetap dipertahankan seperti bentuk aslinya masjid tradisional dengan atap berbentuk limas. Karena keunikan sejarahnya pula, Pemerintah Kolonial Belanda mengeluarkan undang-undang Ordonantie stbl 238/1931 untuk melindungi keberadaan masjid tua ini sebagai peninggalan bersejarah.
