Memasuki babak kedua, Shin Tae-yong melakukan empat pergantian pemain di jeda pertandingan. Hugo Samir, Zaki, Ronaldo Kwateh dan Hokky Caraka masuk menggantikan Achmad Maulana, Marcell Januar, Rabbani Tasnim dan Ginanjar Wahyu.
Masuknya pemain-pemain bertipe penyerang ini membuat Garuda Nusantara tampil lebih agresif. Beberapa peluang apik tercipta dari kubu skuat Garuda.
Pada menit ke-58 Guatemala harus bermain dengan 10 pemain setelah Julio Fernando Garcia kedapatan menendang kepala Hokky Caraka. Alhasil wasit tidak ragu untuk mengangkat kartu merah.
Unggul jumlah pemain, Garuda Nusantara semakin agresif menyerang. Salah satu peluang berbahaya yang diciptakan Indonesia adalah tendangan Resa yang mengarah ke gawang Guatemala, namun sayang bola malah mengenai mistar gawang lawan.
Di sisa babak kedua dan masa injury time, timnas Indonesia terus menerus menggempur pertahanan Guatemala. Namun pertahanan rapat tim asal Amerika Tengah itu terlalu rapat, sehingga skor 1-0 tidak berubah hingga pertandingan usai.
Usai pertandingan, Shin Tae-yong mengeluhkan kepemimpinan wasit Thoriq Alkatiri yang dinilai kurang bagus.
"Saya bingung kenapa wasit juga memimpin pertandingan dengan kurang baik di laga ini," kata Shin Tae-yong usai pertandingan.
