Museum Sonobudoyo memiliki 10 jenis koleksi dari lintas disiplin ilmu pengetahuan, yakni Jenis Koleksi Geologika, Koleksi Biologika, Koleksi Ethnografkai, Koleksi Arkeologi, Koleksi Numismatika atau Heraldika, Koleksi Historika, Koleksi Filologika, Koeksi Keramologika, Koleksi Senirupa dan Koleksi Teknologika.
4. Museum Affandi
Affandi merupakan maestro seni lukis kelas dunia, karya-karyanya fenomenal dan mampu menjadi salah satu aliran seni lukis yang banyak diikuti para pelukis muda tanah air hingga dunia. Museum Affandi terletak di Jalan Laksda Adisucipto.
Museum ini didedikasikan untuk merasakan jejak perjuangan Affandi dalam dunia seni lukis. Selain menyimpan koleksi karya lukisnya, museum ini menampilkan gambaran aktivitas Affandi di luar dunia seni lukis. Selain itu, dipamerkan juga karya para pelukis yang lain.
5. Museum Ullen Sentalu
