Teroris membunuh istri san anaknya yang belum lahir dalam negosiasi yang gagal. Dia rupanya memalsukan kematiannya untuk membalas dendam terhadap agensi dan negara karena tidak menyelamatkan keluarganya.
Sementara itu, Pathaan mengetahui tentang kata sandi yang disebut Raktbeej dan 2 orang mati di Dubai merupakan mantan agen dan uang mereka ditransfer dari rekening Rubina Mohsin, seorang dokter asal Pakistan yang tinggal di Spanyol.
Dia melakukan perjalanan ke Spanyol dan ditangkap oleh anak buah Jim yang mengetahui bahwa Rubina adalah mantan agen ISI.
Saat Jim meninggalkan tempat persembunyiannya, Rubina (Deepika Padukone) menyerang anak buah Jim dan kabur bersama Pathaan.
Rubina mengungkapkan bahwa Raktbeej ada di Moskow, tempat tujuan mereka untuk mencurinya sebelum didahului oleh Jim. Akan tetapi, Rubina malah mengkhianati Pathaan dan membuatnya ditangkap polisi.