Sejak masa TKR Laut ini struktur organisasi mulai disusun sesuai kebutuhan matra laut, yakni dengan membentuk beberapa satuan seperti Pangkalan, Corps Armada, Corps Mariniers, Polisi Tentara Laut, dan Kesehatan. Pada tanggal 25 Januari 1946 TKR Laut berubah menjadi Tentara Republik Indonesia Laut (TRI Laut).
Demikian pada pada tanggal 19 Juli 1946 TRI Laut kemudian diubah menjadi Angkatan Laut Republik Indonesia (ALRI) yang disahkan bertepatan dengan pelaksanaan Konferensi ALRI di Lawang, Malang.
Kemudian setelah kualitas unsur armada semakin canggih dan modern serta dan kuantitasnya semakin besar, akhirnya terbentuklah sebuah Komando Armada.
Berdasarkan SK KSAL No. A. 4/2/10 tanggal 14 September 1959 ditetapkan berdirinya organisasi Komando Armada ALRI, yang diresmikan pembentukannya pada tanggal 5 Desember 1959 oleh KSAL Komodor Laut R.E. Martadinata.
Pada tanggal ini selanjutnya tiap tahun diperingati sebagai “Hari Armada”. Sejalan dengan semakin komplexnya permasalahan yang terjadi di laut, pemimpin memandang perlu untuk membagi dua Armada.
Selanjutnya berdasarkan Surat Keputusan Panglima ABRI Nomor: Kep.171/II/1985 tanggal 30 Maret 1985, Armada RI resmi di bagi menjadi dua kawasan wilayah kerja, yaitu Armada RI Kawasan Timur dan Armada RI Kawasan Barat.
