Akhirnya, terungkaplah fakta bahwa ternyata Rubina adalah orang suruhan Jim untuk membuat Pathaan mencuri Raktbeej untuk dirinya. Pathaan pun ditangkap dan dibawa ke penjara. Dalam perjalanan menuju penjaralah, Pathaan diselamatkan oleh Tiger.
Tiga tahun kemudian, Pathaan melakukan perjalanan ke Afrika dan menangkap antek Jim yang bernama Raafe. Dia bertemu Nandini dan mengungkap bahwa Jim telah membeli rudal pedang, sementara Nandini mengungkapkan lokasi Rubina di Paris.
Pathaan bertemu Rubina, yang mengungkapkan bahwa Raktbeej adalah virus mutasi yang mematikan yang dibuat oleh ilmuwan yang ditangkap oleh Jim.
Dia juga mengungkapkan rasa bersalah karena mengkhianati Pathaan tanpa mengetahui bahwa negaranya akan merencanakan serangan.
Mereka melakukan perjalanan ke laboratorium Jim di Siberia dan berhasil memulihkan satu bola yang mengandung virus. Sementara Jim kabur dengan yang lain, Pathaan dan timnya menuju ke laboratorium untuk menyiapkan vaksin virus tersebut.
Jim memanggil mereka dan mengatakan bahwa bola tersebut telah menyebarkan virus di seluruh penjuru laboratorium. Ilmuwan yang terinfeksi dan Nandini pun mati di laboratorium dengan menembak diri mereka sendiri.
Laboratorium pun dihancurkan dengan menggunakan ledakan terkendali demi mencegah penyebaran virus.
